プレイヤーは臨時の新人の先生として『マテリア学園』に赴任。マテリア学園の成り立ち及び目的を知り、生徒たち〜マテリアルズ〜との出会いを果たす。

その後模擬戦を行うなどして生徒たちとの交流を深めるも、同時に敵との遭遇も発生する。敵は宇宙人で、『侵略者』と呼ばれていた。先生はマテリアルズを指揮する形で敵を撃破する。